2002年，按照“建成国内著名、世界知名的牡丹主题植物景区”这一目标，由上海同济大学、北京林业大学规划设计，牡丹园进行了大规模改建，总投资5000万元。将整个园区划为“花之语”、“花之韵”、“花之海”、“花之魂”、“花之情”五大功能景区，建设了中国牡丹博物馆（国花馆）、世界缤纷园、花海群芳、雷泽湖等三十余个突出牡丹特色、文化内涵丰富、颇具观赏品位的景点。园内已是山水相连，古木参天，四季牡丹鲜花开，常年处处有景观。每逢谷雨前后，园内花海人潮，十分壮观。

  目前，拟将曹州牡丹园更名为中华牡丹园，并以此为中心，建设包括黄河微缩景观、水浒文化园、生态农业园在内的中华牡丹旅游城，使之成为整个山东滨海观光、泰山揽胜、曲阜怀古、菏泽赏花旅游链上的重要一环。

  百花园位于菏泽牡丹乡洪庙村北部。1958年正式建园，定名“洪庙花园”。1982年政府拨款重建，命名“百花园”。修建了新颖别致的大门和接待楼，铺设了水泥嵌卵石的游览路线。面积约6.7hm*m ，有牡丹品种400多个，6万余株。园内优良品种荟萃，既有传统名品，又有许多自育的性状优良的新品种。其中著名的新品种有‘春红妖艳’、‘景玉’、‘银红球’和‘百园粉’等；还有从日本引进的一些品种。该园品种众多；由于面积相对较小，展示较为集中；又有自己的品种特色。吸引了国内外大量游客。

  古今园位于菏泽市牡丹办事处王梨庄，是在明代万花村花园的基础上发展起来的。1958年建园，1982年政府拨款重建，故名“古今园”。

  该园面积50余亩。牡丹300多个品种，令有奇花异卉如芍药、腊梅、黄刺梅等百种花灌木。王梨庄自古就有养花的传统。该园尤以松柏编制造型（习称松编）为其特色。松编是当地农民的传统技艺，编塑成城楼、牌坊和狮、虎等艺术造型，惟妙惟肖，栩栩如生，有绿色动物园之称。园中的大型松编牌坊“孜诵坊”，已有200余年的历史，工艺精湛，壮观优美，堪称一绝。还有树龄百年的龙爪槐，盘根错节，蜷曲有致，自成一景。近似掉蝴蝶树，春天开花，秋天花托成为蝶状，万条近似垂钓的一只只蝴蝶十分奇特；100多年的翠兰松，郁郁葱葱，似烟如雾；200多载的线柏，江北只此一株。